2131-ben járunk, vége a 3. világháborúnak, a föld a megsemmisülés szélén jár. Deunan Knute a legendás, fiatal harcos és egykori társa, a háború során végzetes sérüléseket szenvedő és cyborggá operált Briareos a génmanipulációval fejlesztett Bioroidok által uralt Olympos városába érkeznek.

A Bioroidoknak sokkal rövidebb élet adatik meg mint az embereknek, mivel génmanipulációval elnyomták bennük a szaporodás ösztönét.Az emberek többsége fél és retteg a Bioroidoktól, így amikor a Bioroidok életciklusának meghosszabításán dolgozó központ megsemmisül egy terrorista támadástól, kitör a háború. Deunan és Briareos csatlakoznak az ESWAT-hoz Olympos híres rendfenntartói közé és szembeszállnak a Bioroidok fenyegetésével.Ekkor bukkan fel a legendás Appleseed kód.